Penilaian Hasil Molecular Docking Turunan Diketopiperazin Sebagai Inhibitor HIV-1 Protease - Negara, Bayu Aji, Broto Santoso M.Sc., Apt (2014)
Tantangan pengobatan dan pencegahan terhadap Acquired immune deficiency syndrome (AIDS) telah menjadi masalah global sejak pertama kali ditemukan pada tahun 1981. Penyebab penyakit ini karena adanya HIV yang menyerang sistem kekebalan. Upaya penyembuhan AIDS dengan menggunakan obat antiviral yang ada saat ini banyak menemui kendala antara lain mutasi yang menyebabkan virus menjadi resisten dengan obat dan efek samping berupa rasa mual, muntah dan diare. Hal ini mendorong untuk dilakukan riset lebih lanjut untuk menemukan senyawa obat baru yang lebih poten dan aman. Molecular docking merupakan salah satu metode yang digunakan dalam melaksanakan drug design. Protein HIV-1 Protease berkode 3S56 dan turunan diketopiperazin yang diambil dari bank data PubChem sebanyak 921 digunakan sebagai protein dan ligan uji. Proses Perhitungan docking dikerjakan dengan menggunakan program PyRx-Autodock-vina menggunakan besaran Gridbox pada posisi X:1,291 Y:7,504 Z:37,569 dan dimensi sebesar X:30,031 Y:28,790 Z:27,798. Validasi metode dilakukan terlebih dahulu menggunakan ligan asli saquinavir dengan hasil RMSD (Root Mean Standart Deviation) sebesar 0.264 Å. Hasil pengamatan didapatkan 5 ligan uji dengan energi ikat terkecil yaitu 16401256, 16401079, 16399855, 16403714, dan 397176. Kelima ligan mempunyai struktur inti yang sama. Interaksi residu protein yang sering ditemui terhadap kelima ligan uji yaitu Ile50B dan Gly49B. Tiga dari lima ligan uji tersebut mempunyai energi ikatan dengan protein lebih kecil dari ligan kristalografi Saquinavir. Ketiga ligan tersebut antara lain 16401256, 16401079, dan 16399855 dengan energi ikatan masing-masing sebesar -12,9 Kkal/mol; -12,6 Kkal/mol, dan -12,5 Kkal/mol.