Pemodelan Tiga Dimensi (3D) Ikatan Hasil Docking Molekular Turunan Diketopiperazin (DKP) Dengan Bcl-2 Pada Sel Mcf-7 - Luthfiyah, Yuniyati; , Broto Santoso M.Sc., Apt (2014)
Kanker payudara merupakan tumor ganas yang dimulai dari sekelompok sel-sel kanker yang dapat tumbuh menyerang jaringan sekitarnya atau menyebar (metastasis) ke jaringan lain pada tubuh sebagai akibat dari ketidaknormalan proses apoptosis. Apoptosis dikendalikan oleh keluarga protein Bcl-2 yang terdiri dari pro-apoptosis seperti Bax dan Bak dan anti-apoptosis seperti Bcl-2 dan Bcl-XL. Sel kanker payudara MCF-7 tidak mengekspresikan caspase-3 sehingga upaya untuk menekan ekspresi Bcl-2 perlu dilakukan agar sel MCF-7 tidak terus-menerus membelah. Pencarian senyawa baru pada proses ini menggunakan metode molecular docking dengan software PyRx AutoDock-Vina. Proses preparasi ligan dan protein terlebih dahulu dilakukan, kemudian validasi metode penelitian yang digunakan menggunakan ligan DRO dengan hasil RMSD 0,054 dan nilai -6,2 Kkal/mol, preparasi ligan uji dan ligan pembanding, selanjutnya docking terhadap ligan-ligan tersebut. Proses ini menunjukkan interaksi antara ligan dan protein yang diamati untuk kemudian digunakan sebagai dasar penyusunan senyawa baru. Senyawa baru tersebut di-docking dan diamati kembali interaksi antara ligan dan protein. Nilai ikatan energi ligan baru nDRO -7,1 Kkal/mol, n715 -6,7 Kkal/mol; n099 -6,7 kkal/mol; n236 -6,4 Kkal/mol; n421 -6,1 Kkal/mol dan nDKP2 -6,4 Kkal/mol. Hasil tersebut menunjukkan turunan ligan DRO dan keempat senyawa lainnya memiliki nilai energi ikatan lebih baik dari ligan DRO, sehingga menunjukkan potensi inhibisi aktivitas berlebih Bcl-2 secara molecular docking.