IDENTIFIKASI DAN KARAKTERISASI BAKTERI ANTAGONIS JAMUR FUSARIUM SP. MENGGUNAKAN ANALISIS SIKUEN GEN 16S RRNA - Heri Setiadi, - (2009)
Identifikasi isolat bakteri AFE-1 dan BLS-1 yang antagonis terhadap jamur Fusarium sp. pada penelitian ini dilakukan dengan menggunakan analisis sikuen parsial gen 16S rRNA yang diamplifikasi menggunakan primer 63F dan 1387R. Spesies spesifik diperoleh dari analisis bioinformatik sikuen parsial gen 16S rRNA menggunakan program BLASTN pada situs GeneBank. Sikuen parsial gen 16S rRNA diperoleh melalui sikuensing amplikon yang berukuran sekitar 1300 pb menggunakan mesin Automated DNA sequencer, sehingga diperoleh urutan nukleotida gen target. Sikuen parsial gen 16S rRNA isolat bakteri AFE-1 berukuran 1316 pasang basa dengan persentase G+C sebesar 54,26% dan A+T sebesar 44,83%, sedangkan isolat bakteri BLS-1 berukuran 1321 pasang basa dengan persentase G+C sebesar 52,61% dan A+T sebesar 46,18%. Hasil analisis bioinformatik menggunakan program BLASTN menunjukkan bahwa bakteri AFE-1 paling mirip dengan Bacillus subtilis, sedangkan bakteri BLS-1 paling mirip dengan Bacillus cereus. Hasil ini diperoleh dari hasil pensejajaran sikuen dengan database pada GeneBank, indikator taksonomi spesies bakteri dilihat dari nilai maximum identitiy masing-masing untuk Bacilus subtilis sebesar 99% dan Bacillus cereus sebesar 97%. Nilai kemungkinan ketidaksamaan (E value) untuk kedua isolat adalah 0.0 yang menunjukkan kecocokan urutan sikuen dengan database. Kemampuan bakteri AFE-1 (Bacillus subtilis) dan BLS-1 (Bacillus cereus) sebagai agen antagonis Fusarium sp. disebabkan oleh kemampuannya mensintesis antibiotik dan enzim kitinase (kitobiosidase). Reaksi positif aktivitas kitinolitik sebagai salah satu mekanisme antagonisme ditunjukkan oleh bakteri BLS-1.