PENGGUNAAN PRIMER SIMPLE SEQUENCE REPEATS (SSR) UNTUK ANALISIS VARIASI DNA Osphronemus gouramy Lac. YANG DIINFEKSI BAKTERI Aeromonas hydrophila - Nurul Habibah, - (2009)
Variasi DNA gurame (Osphronemus gouramy Lac.) yang diinfeksi Aeromonas hydrophila telah dianalisis menggunakan empat penanda DNA Simple sequence repeats (SSR). DNA gurame resisten dan sensitif terhadap A. hydrophila diamplifikasi dengan primer GE 1.4, GE 1.10, GE 1.7, dan GE 1.9. Suhu annealing dari keempat primer tersebut yaitu suhu 49,5oC. Hasil amplifikasi primer tersebut dielektroforesis menggunakan gel agarosa dengan konsentrasi 3% dan gel poliakrilamid 6%. Analisis kluster dilakukan pada primer GE 1.10 saja menggunakan persamaan Nei & Lei dengan program MVSP. Nilai heterozigositas primer GE 1.10 rata-rata sebesar 0,3119 dengan kisaran 0,2377-0,1985. Nilai PIC yang dimiliki oleh primer GE 1.10 sebesar 0,75. Kelompok I (alel a dan alel b) memiliki pita pada ukuran 257 pb dan 363 pb, sedangkan kelompok II (alel c dan d) berada pada ukuran 418 pb dan 434 pb. Untuk kelompok III (alel c dan e) pita DNA berukuran pada 397 pb dan 418 pb. Hasil dendogram yang terbentuk, primer GE 1.10 dapat membedakan variasi DNA ikan gurame sensitif dan DNA ikan resisten terhadap infeksi A.hydrophila.