POTENSI PENANDA SIMPLE SEQUENCE REPEAT (SSR) DALAM ANALISIS VARIASI GENETIK OSPHRONEMUS GOURAMY LAC. YANG DIINFEKSI AEROMONAS HYDROPHILA - Arin Safrini, - (2009)
Variasi genetik DNA gurame (Osphronemus gouramy Lac.) yang diinfeksi Aeromonas hydrophila telah dianalisis menggunakan penanda DNA Simple Sequence Repeat (SSR) pada gel poliakrilamida. DNA gurame yang resisten dan sensitif terhadap A. hydrophila diamplifikasi dengan menggunakan empat macam primer SSR yaitu GE 1.b, GEb 2.4, GE 3.1 dan GE 1.3 pada suhu annealing 49,50C, dan hanya primer SSR GE 1.b dan GE 3.1 yang dianalisis lebih lanjut karena terdapat fragmen DNA yang polimorfik dan pita yang dihasilkan sebanyak 1-4 pita. Primer SSR GE 1.b merupakan primer SSR yang spesifik membedakan DNA gurame resisten dan sensitif, karena didapatkan motif ukuran larik DNA yang spesifik untuk gurame resisten pada alel atas (A) berada pada ukuran 319-328 pb (>300 pb) dan pada alel bawah (B) berukuran antara 207-284 pb (>200 pb). Sedangkan untuk sampel DNA gurame sensitif, pada alel atas (A) berada pada ukuran 293 pb (<300 pb) dan pada alel bawah (B) berukuran antara 191-196 pb (<200 pb). Hasil analisis diperoleh rataan nilai heterozigositas (H) primer SSR GE 1.b dan GE 3.1 yaitu 0,2040 dan 0,2366, dan nilai PIC 0,8490 dan 0,7676. Hasil ini menunjukkan kedua primer mempunyai variasi genetik yang cukup tinggi.