PEMANFAATAN PENANDA RAPD UNTUK ANALISIS VARIASI GENETIK LARVA Hydropsyche sp. DI DAERAH HULU SUNGAI CIKAPUNDUNG YANG TIDAK TERALIRI LIMBAH - Septy Nuraelis, - (2009)
Telah dilakukan pemanfaatan penanda RAPD untuk analisis variasi genetik larva Hydropsyche sp. di daerah hulu Sungai Cikapundung yang tidak teraliri limbah. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variasi genetik dari larva Hydropsyche sp. di daerah hulu Sungai Cikapundung yang tidak teraliri limbah. Delapan sampel DNA larva Hydropsyche sp. dari lokasi 1 (Bukit Tunggul) dan sepuluh sampel DNA dari lokasi 3 (dekat perbatasan antara desa Cipanjalu dan Cilengkrang) diisolasi. DNA yang diperoleh diamplifikasi menggunakan duapuluh primer RAPD OPA1-OPA20. Dari duapuluh primer yang diseleksi, hanya dua primer yang digunakan untuk analisis lebih lanjut yaitu primer OPA2 dan OPA16. Amplifikasi menggunakan kedua primer tersebut menghasilkan DNA dengan ukuran 200-2000 pb. Berdasarkan hasil dendogram, primer RAPD OPA2 dan OPA16 dapat membedakan larva Hydrsopsyche di lokasi 1 dan lokasi 3. Dendogram gabungan primer OPA2 dan OPA16 menunjukkan perkiraan adanya 5 variasi Hydropsyche yang berbeda di Sungai Cikapundung. Hasil estimasi dan perhitungan nilai heterozigositas dari primer OPA2 dan OPA16 menunjukkan bahwa larva Hydropsyche sp di lokasi 1 dan lokasi 3 memiliki tingkat variasi genetik yang rendah yaitu sebesar 0,086 dan 0,073. Namun kekuatan penanda RAPD cukup tinggi dimana hasil perhitungan nilai PIC, primer OPA2 dapat membedakan kedua populasi larva Hydropsyche sp. di lokasi 1 dan lokasi 3 dengan nilai 0,988, sedangkan primer OPA16 dengan nilai 0,874.