KEANEKARAGAMAN GENETIK DAN KEKERABATAN EMPAT JENIS ENDEMIK PIPERACEAE DI KAWASAN MALESIA BERDASARKAN ANALISIS SEQUENCE-RELATED AMPLIFIED POLYMORPHISM (SRAP)

• Main Author: Vini Ayuni, - (Author)
• Format: Book
• Published: 2023-07-28.
• Subjects: Thesis; NonPeerReviewed
• Online Access: Link Metadata
• Notes: http://repository.upi.edu/103611/1/S_BIO_1900940_Title.pdf; http://repository.upi.edu/103611/2/S_BIO_1900940_Chapter%201.pdf; http://repository.upi.edu/103611/3/S_BIO_1900940_Chapter%202.pdf; http://repository.upi.edu/103611/4/S_BIO_1900940_Chapter%203.pdf; http://repository.upi.edu/103611/5/S_BIO_1900940_Chapter%204.pdf; http://repository.upi.edu/103611/6/S_BIO_1900940_Chapter%205.pdf; http://repository.upi.edu/103611/7/S_BIO_1900940_Appendix.pdf
• Keywords: L Education (General); QH301 Biology

Kawasan Malesia merupakan kawasan geografi yang kaya akan flora dan fauna endemik. Salah satu tanaman endemiknya adalah dari keluarga Piperaceae yang masih banyak digunakan oleh sebagian masyarakat Indonesia sebagai tanaman obat herbal. Namun, belum banyak informasi yang terdokumentasikan mengenai data keranekaragaman genetiknya. Tujuan dari penelitian ini yaitu untuk menganalisis keragaman genetik dan hubungan kekerabatan Piperaceae khususnya pada Piper porphyrophyllum N.E.Br., P. decumanum L., P. celebicum Blume, dan P. cyrtostachys Ridl. menggunakan Sequence-related amplified polymorphism (SRAP). Metode yang digunakan diawali dengan ekstraksi DNA, uji kuantitatif dan kualitatif DNA, seleksi komposisi PCR, seleksi pasangan primer, dan terakhir analisis data menggunakan NTsys 2.1. dan Popgene 3.2. Keragaman genetik yang dihasilkan adalah jumlah alel teramati (Na), jumlah alel efektif (Ne), nilai indeks informasi Shannon (I), dan heterozigositas harapan (H). Jenis P. cyrtostacys memiliki keragaman genetik yang cukup lebih tinggi di antara jenis lainnya (Na=1.7674, Ne=1.2703, H= 0.1820, dan I= 0.2973). Piper celebicum adalah jenis yang paling rendah keragaman genetiknya (Na=1.3721, Ne=1.0803, H=0.0595, dan I=0.1058). Hubungan kekerabatan sejenis yang paling dekat adalah P. cyrtostacys yang mendekati nilai 1. Hubungan antarjenis yang paling jauh adalah jenis P. celebicum dan P. cyrtostacys (0.150). Temuan dari penelitian ini dapat disimpulkan bahwa SRAP menunjukkan bahwa keragaman genetik Piper yang berada di wilayah Malesia Timur cenderung lebih rendah, sedangkan di Malesia Barat papada P. cyrtostachys memiliki keragaman genetik yang tinggi. Hubungan kekerabatan yang terjalin pun antara Malesia Barat dan Timur memiliki hubungan yang sangat jauh. Akan tetapi kekerabatan jenis yang paling dekat adalah pada P. cyrtostachys yang persebarannya sempit. Kata Kunci : Malesia, Pipercaeae, Keanekaragaman genetik, Filogenetika. Malesia is a geographical area rich in endemic flora and fauna. One of the endemic plants is from Piperaceae family which is widely used by some Indonesian people as herbal medicinal plant. However, there is not much documented information regarding the data of its genetic diversity. The purpose of this study was to analyze the genetic diversity and kinship of the Piperaceae, especially in Piper porphyrophyllum N.E.Br., P. decumanum L., P. celebicum Blume, and P. cyrtostachys Ridl. using Sequence-related amplified polymorphism (SRAP). The research comprised DNA extraction, quantitative and qualitative DNA testing, PCR composition selection, primer pair selection, and data analysis using NTsys 2.1. and Popgene 3.2. The resulting genetic diversity is the number of observed alleles (Na), the number of effective alleles (Ne), the Shannon information index value (I), and the expected heterozygosity (H). Piper cyrtostacys had quite high genetic diversity than the others (Na=1.7674, Ne=1.2703, H= 0.1820, and I= 0.2973), while P. celebicum had the lowest ones (Na=1.3721, Ne=1.0803, H=0.0595, and I=0.1058). The closest relationship was found in P. cyrtostacys which is close to 1. The most distant species relationship is between P. celebicum and P. cyrtostacys (0.150). The findings from this study can be concluded that the SRAP shows that the genetic diversity of Piper in the East Malesia region tends to be lower, while in West Malesia P. cyrtostachys has high genetic diversity. The kinship relationship that exists between West and East Malesia has a very distant relationship. However, the closest kind of relationship is P. cyrtostachys, which has a narrow distribution. Keywords: Malesia, Pipercaeae, Genetic Diversity, Phylogenetics.