KARAKTERISASI PUSTAKA GENOM MIKROSATELIT PADA GURAME (OSPHRONEMUS GOURAMY LAC.)SKRIPSI - Guntur Eka Satya Putra, - (2010)
Telah dilakukan pembuatan pustaka genom dan karaterisasi pustaka genom mikrosatelit pada ikan gurame (Osphronemus gouramy) dengan menggunakan penanda mikrosatelit. Potongan-potongan DNA yang kaya akan motif mikrosatelit di amplifikasi dengan alat PCR. Selanjutnya amplikon di ligasi kedalam vektor pGEM-T easy. Empat puluh koloni putih yang mengandung plasmid rekombinan dari total 1321 koloni putih yang dipilih secara acak untuk di sikuensing. Hasil sikuensing menunjukkan 32 sikuen (80%) mengandung mikrosatelit, yang kemudian dikelompokan atas dasar pengelompokan Weber (1990), Diperoleh motif-motif mikrosatelit yang sangat berpotensi dijadikan primer antara lain: GCTT)10, (GCT)10 , (GAA)13., (TAA)10, (GGT)10, (CCT)10, (TTA)5TT(TTA)4, (GCT)9(TA)6, (GCA)5(GTG)7, (GCT)9(TA)6,(CCA)8(TCA)2, dan (GA)4G(TTTC)5. .Motif-motif mikrosatelit yang berpotensi antara lain: (TTA)6 (CTT)5, (GTA)5, (GGA)6, (GGA)5, (GGT)5, (GA)3G(GA)4G(GA)2, (CCA)4(TCA)3(CCA)2, (TT)5(TTA)3, (CA)5(GTT)5, (GAT)3(GGT)5TC(GT)4, (GCG)3G(GCG)5(A)5, (TTA)5TT(TTA)4, dan (GGT)4GT(GGT). Motif-motif mikrosatelit yang berpotensi rendah antara lain: CA)8, (GT)5, (TA)6, (CA)8, (CT)6, (CCT)2CA(CCT)2. (TA)3(CT)2. (CA)4(CT)4. (C)3(A)2(C)10(A)2. (GA)3GCA(CAGA)2, dan (GT)9A(GA)3. Proses perancangan primer dengan menggunakan perangkat komputer Primer 3 didapatkan 37 pasang primer yang berpotensi digunakan untuk melihat keragaman genetik pada gurame.