ANALISIS FILOGENETIK BAKTERI Aeromonas hydrophila Isolat AIR DARI BEBERAPA KOTA BERDASARKAN SIKUEN GEN (gyr B) - Rohmasari, Fitri (2015)
Air merupakan pelarut universal, sehingga tidak semua air dapat dikatakan murni Air dapat menjadi perantara bakteri patogen untuk menginfeksi penyakit. Salah satunya adalah bakteri Aeromonas spp. Bakteri Aeromonas hydrophila umum ditemukan di perairan. Aeromonas memiliki taksonomi yang kompleks dengan karakter yang berbeda-beda, bahkan di level intraspesies. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mengetahui karakteristik Aeromonas hydrophila isolat air beberapa kota secara biokimia dan molekular dan mengetahui hubungan kekerabatan Aeromonas hydrophila yang didapat dari beberapa kota berdasarkan sikuen gen gyr B.. Pada penelitian ini dilakukan pengujian morfologi dan biokimia untuk menskrining sampel bakteri yang diisolasi dari beberapa kota. Selain itu, dilakukan pengujian molekuler yaitu pendeteksian gen lip sebagai gen spesifik Aeromonas hydrophila dan pengujian secara literarur dengan perbandingan hasil penelitian sebelumnya. Hasil skrining dengan pengujian morfologi, biokimia, dan molekuler, dari 9 isolat bakteri yang diuji, hanya 6 isolat bakteri yang dapat disekuensing dengan baik menggunakan gen gyr B, dan isolat tersebut kemungkinan besar merupakan Aeromonas, keenam isolat tersebut merupakan bakteri gram negatif dengan bentuk basil, positif terhadap uji oksidase, merupakan bakteri fakultatif anaerob, bersifat motil dan memiliki kemampuan β hemolisis. Hasil dari pendeteksian gen lip pada seluruh isolat Aeromonas, 50% isolat menunjukkan amplikon pada ukuran 760 pb. Sedangkan hasil dari analisis bioinformatika menggunakan sikuen gen gyr B menunjukan lima isolat bakteri tersebut berkerabat dekat satu dengan yang lainnya. Water can be an intermediary factor for pathogenic bacteria to infect the disease, one of which is Aeromonas. This bacterium is pathogenic to either humans or animals especially fish. Phylogenetic relationship between Aeromonas spp. need to describe to know the diversity and distribution of strains in water, so it can be used to test water quality accurately and quickly. This study aimed to determine the characteristics, and phylogenetic relationships of Aeromonasspp. Morphology test (Gram staining); biochemical tests include RS+Novobiocin, motility, oxidation, OF, indole, VP, citrate, lactose fermentation, hemolysis detection; and detection of lipase gene were determined from 9 isolates. Then 5 selected isolates and 1 control isolates were sequenced based on gyr B gene. Phylogenetic trees obtained using Clustal X and MEGA 5. The results of the screening test morphological, biochemical, and molecular, from isolates tested, are likely to be Aeromonas is a gram-negative bacteria in the form of bacillus , positive for oxidase test, a facultative anaerobic bacteria, are motile and have the ability to β hemolysis. Results of detection of gene lip on all isolates of Aeromonas, 50% of isolates showed 760 bp amplicon in size. While the results of bioinformatics analysis using gene sequence Gyr B shows the five isolates closely related to one another.