ANALISIS FILOGENETIKA BAKTERI Aeromonas hydrophila DARI ISOLAT IKAN SEHAT MENGGUNAKAN SIKUEN GEN gyrB - Lisnawati, Riska (2015)
Aeromonas hydrophila berperan sebagai microbial flora bagi hewan-hewan air pada kondisi lingkungan stabil dan dapat menjadi patogen pada ikan kondisi lingkungan perairan yang buruk. Klasifikasi genus Aeromonas sangat kompleks, salah satu spesies yang taksonominya masih diperdebatkan, hingga menjadi salah satu isu taksonomi yang konvensional dalam genus ini yaitu A.hydrophila. Tujuan penelitian ini yaitu untuk mempelajari hubungan kekerabatan A. hydrophila yang diisolasi dari beberapa ikan sehat berdasarkan sikuen gen gyrB. Pada penelitian ini dilakukan pengujian morfologi dan biokimia guna memastikan isolat bakteri yang digunakan merupakan bakteri A. hydrophila yang sama digunakan dengan penelitian sebelumnya yang berasal dari intestin ikan sehat (gurame, nila, lele, dan mas). Selain itu, dilakukan identifikasi secara molekuler dengan menggunakan gen lip sebagai gen spesifik A. hydrophila. Hasil pengujian secara morfologi dan biokimia menunjukkan 6 isolat yang diuji merupakan bakteri A. hydrophila. Keenam isolat tersebut merupakan bakteri gram negatif dengan bentuk basil pendek, merupakan bakteri fakultatif anaerob, bersifat motil dan dapat menghasilkan gas H2S, positif pada uji oksidasi dan memiliki kemampuan β hemolisis. Hasil pendeteksian dengan gen lip pada seluruh isolat A. hydrophila, hanya 2 isolat yang menunjukkan amplikon pada gen ukuran 760 bp, sedangkan dari hasil analisis bioinformatika menggunakan sikuen gen gyrB menunjukkan keenam isolat bakteri tersebut berada dalam satu kelompok yang sama dengan A. hydrophilA ATCC 7966. Aeromonas hydrophila act as microbial flora of aquatic organism in stable environmental conditions and it can be pathogenic to fish under the poor environmental conditions. Classification of the genus Aeromonas is very complex, one of the species that is still being discussed regarding its taxonomy and becoming a controversial taxonomic issue is the species of A. hydrophila. The purpose of this research is to study the phylogenetic relationship of A. hydrophila isolated from several healthy fish based on gyrB gene sequence. In this study, morphological and biochemical test is run to confirm that the bacteria isolates of A. hydrophila is the same isolate used in the previous studies, taken from healthy fish's intestine (carp, tilapia, catfish, and goldfish). In addition, molecular identification was tested using lip gene detection as the specific gene of A. hydrophila. The results of morphological and biochemical test showed 6 isolates examined were A. hydrophila bacteria. The sixth isolates are identified as gram-negative bacteria with the form of short bacillus, facultative anaerobic bacteria, motile, and produces H2S gas, positive in oxidation test and has the ability of β hemolysis. Gene detection using lip gene on all isolates of A. hydrophila, revealed only 2 isolates which showed amplicon size of 760 bp. While the results of bioinformatics analysis using gyrB gene sequence showed that the six isolates are in the same group with A. hydrophila ATCC 7966.