IDENTIFIKASI KANDIDAT MARKER GENETIK DAERAH HIPERVARIABEL II DNA MITOKONDRIA PADA EMPAT GENERASI DENGAN RIWAYAT DIABETES MELITUS TIPE 2 - Maliki, Idris (2015)
Diabetes melitus tipe 2 (DMT2) merupakan penyakit kelainan metabolisme yang ditandai dengan meningkatnya kadar gula darah akibat tubuh menjadi tidak responsif terhadap insulin. Salah satu faktor penyebab DMT2 adalah keberadaan mutasi DNA Mitokondria (mtDNA) yang diturunkan dari garis keturunan ibu. Salah satu daerah pada mtDNA yang sering digunakan untuk proses identifikasi individu adalah daerah Hipervariabel II (HVII) karena berada di daerah D-Loop yang kemungkinan terjadinya mutasi tinggi. Oleh karena itu, dilakukan penelitian tentang variasi mutasi mtDNA daerah HVII pada empat generasi dengan riwayat DMT2 untuk mengetahui kandidat marker genetik DMT2. Sampel yang digunakan berupa akar rambut dari empat individu dalam satu garis keturunan. Tahapan yang dilakukan meliputi isolasi mtDNA, amplifikasi fragmen HVII mtDNA dengan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR), deteksi hasil PCR dengan elektroforesis gel agarosa, penentuan urutan nukleotida daerah HVII mtDNA dengan metode direct sekuensing, dan analisis hasil sekuensing dengan menggunakan program Seqman™ versi 4.00 DNASTAR. Berdasarkan hasil perbandingan antara urutan nukleotida sampel dengan revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) diperoleh enam mutasi yang sama pada keempat generasi, yaitu: A73G, T152C, G225A, A249del, A263G dan G316CA. Setelah dibandingkan dengan data sekunder Mitomap dan NCBI diperoleh satu mutasi yang menjadi kandidat marker genetik pemicu DMT2, yaitu mutasi G316CA. Kata kunci :DMT2, Hipervariabel II, Marker genetik, mtDNA, Mutasi Diabetes mellitus type 2 (DMT2) is a metabolic disorder signed by rise of blood sugar caused by body insensitivity to insulin presence. One factor that caused DMT2 is presence of Mitochondial DNA (mtDNA) mutation that inherited maternally. Hypervariable II (HVII) region often linked to body disorder because located in D-loop region which have high possibility of mutation occurence. Therefore, a study about variance in mtDNA mutation on HVII region on four generation with history of DMT2 to look for DMT2 genetic marker candidate was conducted. The sample used in this study is hair root from four person in one maternal lineage. The method used is mtDNA isolation, amplification of mtDNA fragment by using Polymerase Chain Reaction (PCR) technique, detection of PCR product with electrophoresis gel agarose, sequencing of nucleotide using direct sequencing, and analysis of sequencing result with Seqman™ version 4.00 DNASTAR. After comparing sample sequence with revised Cambridge Reference Sequence (rCRS), mutation that occur in four generation were found, those are : A73G, T152C, G225A, A249del, A263G and G316CA. After compared with data from secondary source, such as NCBI and Mitomap, G315CA mutation was found as a candidate for DMT2 genetic marker. Keyword: DMT2, Genetic Marker, Hypervariable II, mtDNA, Mutation