ANALISIS METAGENOMIK GEN KETOSYNTHASE DAN NONRIBOSOMAL PEPTIDE SYNTETHASE PADA BAKTERI ENDOFIT AKAR Vetiveria zizanioides L.

• Main Author: Anugrah, Fauzi Akhbar (Author)
• Format: Book
• Published: 2013-11-21.
• Subjects: Thesis; NonPeerReviewed
• Online Access: Link Metadata

Summary

Modul enzim Ketosynthase (KS) dan Nonribosomal Peptide Syntethase (NRPS) diketahui banyak berperan dalam proses biosintesis senyawa alami dari berbagai mikroorganisme. Studi mengenai keragaman gen KS dan NRPS pada bakteri endofit dapat memberikan gambaran bagaimana pola kekerabatan atau keragaman gen tersebut. Analisis metagenomik gen KS dan NRPS pada bakteri endofit akar Vetiveria zizanioides, L. telah berhasil dilakukan, amplifikasi menunjukkan ukuran 700 bp untuk KS dan 1000 bp untuk NRPS. Penyusunan pohon filogenetik, menunjukkan adanya pola kekerabatan yang saling terkait, dari 10 sampel Vetiveria Endophytic Bacteria (VEB) Ketosynthase diketahui VEB KS 5 memiliki kedekatan dengan Pseudomonas flourescens, VEB KS 6 dengan Sterptomyces aureofaciens, VEB KS 7 dan 9 dengan sekuen KS dari Paenibacillus sp. strain F6B70, VEB KS 1 dan 4 memiliki kekerabatan dengan gen KS dari Streptomyces coelicolor, VEB KS 3 dan 10 juga memiliki kedekatan dengan kelompok KS Actinobacteria. Untuk 10 sampel gen NRPS, genus yang berkerabat dekat dengan kelompok sampel adalah Bacillus untuk VEB NRPS 1, 2, 3, 4, 7 dan 8, dan Streptomyces VEB NRPS 5, 6 dan 10. Sampel VEB NRPS 9 memiliki kemiripan dengan Saccharopolyspora erythrea. Adanya pola percabangan yang terbentuk menunjukkan bahwa terjadi evolusi atau perubahan pada sekuens gen baik KS maupun NRPS. Kata Kunci: Ketosynthase, NRPS, Metagenomik, Bakteri Endofit, Vetiveria zizanioides The modular Ketosynthase (KS) and nonribosomal peptide synthetase (NRPS) have been found to be involved in natural product synthesis in many microorganisms. Study on their diversities in natural environment may provide an overview how the patterns of kinship or gene diversity. Metagenomics analysis of KS and NRPS genes in endophytic bacterial root of Vetiveria zizanioides, L. has been successfully performed, preparation of the phylogenetic tree showing the pattern of interrelated kinship. Vetiveria Endophytic Bacteria ( VEB ) from Ketosynthase sample indicating that VEB KS 5 has been related with Pseudomonas flourescens, VEB KS 6 with Sterptomyces aureofaciens, VEB KS 7 and 9 related to KS sequences from Paenibacillus sp . F6B70 strain, VEB KS 1 and 4 have a kinship with KS genes from Streptomyces coelicolor, VEB KS 3 and 10 also have close relations with KS from Actinobacteria. Ten sample of NRPS gene, which is closely related to the genus Bacillus are VEB NRPS 1, 2, 3, 4, 7 and 8, whereas the genus of Streptomyces has been related with VEB NRPS 5, 6 and 10 samples. VEB NRPS number 9 has a similarity with Saccharopolyspora erythrea. These results revealed the great diversity and novelty of both KS and NRPS genes in endophytic bacterial root of Vetiveria zizanioides, L. Keyword : Ketosynthase, NRPS, Metagenomics, Bakteri Endophytic Bacteria, Vetiveria zizanioides

Item Description

http://repository.upi.edu/3290/1/S_BIO_0909004_TITLE.pdf
http://repository.upi.edu/3290/2/S_BIO_0909004_ABSTRACT.pdf
http://repository.upi.edu/3290/3/S_BIO_0909004_TABLE%20OF%20CONTENT.pdf
http://repository.upi.edu/3290/4/S_BIO_0909004_CHAPTER1.pdf
http://repository.upi.edu/3290/5/S_BIO_0909004_CHAPTER2.pdf
http://repository.upi.edu/3290/6/S_BIO_0909004_CHAPTER3.pdf
http://repository.upi.edu/3290/7/S_BIO_0909004_CHAPTER4.pdf
http://repository.upi.edu/3290/10/S_BIO_0909004_CHAPTER5.pdf
http://repository.upi.edu/3290/8/S_BIO_0909004_BIBLIOGRAPHY.pdf
http://repository.upi.edu/3290/9/S_BIO_0909004_APPENDIX.pdf