ISOLASI DAN IDENTIFIKASI HOUSEKEEPING GENE PADA IKAN SIDAT (Anguilla bicolor) - Tina Yulianti, - (2019)
ISOLASI DAN IDENTIFIKASI HOUSEKEEPING GENE PADA IKAN SIDAT (Anguilla bicolor) ABSTRAK Housekeeping gene adalah gen kosntitutif yang diperlukan dalam pemeliharaan fungsi sel dan sering digunakan sebagai kontrol internal pada normalisasi ekspresi gen. Akan tetapi informasi genetik dari housekeeping gene khususnya pada ikan sidat (Anguilla bicolor) masih minim dan banyak yang belum diketahui. Berhubungan dengan hal tersebut maka penelitian ini bertujuan untuk mensikuensing hasil isolasi housekeeping gene pada ikan sidat (Anguilla bicolor), guna mendapatkan sikuen spesifik dengan cara melakukan perancangan primer degenerate pada housekeeping gene 18s ribosomal RNA (18S rRNA), Beta Actin (ACTB), Elongation Factor 1-Alpha (EF1A) dan Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH). Primer degenerate yang terdiri dari dua set primer (outer dan inner) dirancang dengan cara: (1) Pengumpulan sikuen housekeeping gene pada ikan class Actinopterygii; (2) Pensejajaran sikuen; (3) Pengunggahan sikuen ke laman Primaclade; (4) Pemilihan pasangan primer. Primer yang terpilih selanjutnya digunakan untuk mengamplifikasi housekeeping gene DNA Anguilla bicolor dengan menggunakan metode Nested PCR. Adapun DNA Anguilla bicolor didapat dari hasil isolasi DNA menggunakan protokol Sambrook. Kemudian hasil amplifikasi housekeeping gene dilakukan sikuensing secara langsung (direct PCR) untuk menentukan urutan nukleotida dari sikuen gen. Selanjutnya dilakukan contig dan analisis BLAST pada sikuen gen yang didapat untuk memastikan bahwa sikuen tersebut sesuai dengan gen target. Hasil analisis BLAST menunjukkan dari keempat sikuen gen, diperoleh tiga sikuen yang sesuai dengan gen target yaitu gen 18s ribosomal RNA (18S rRNA), Beta Actin (ACTB) dan Elongation Factor 1-Alpha (EF1A) dan identifikasi pengelompokan menggunakan dendrogram menunjukkan bahwa ketiga sikuen gen tersebut berkelompok dengan gen target. Kesimpulan dari penelitian ini adalah diperoleh tiga sikuen spesifik pada tiga housekeeping gene target yang dapat digunakan sebagai sumber untuk merancang primer spesifik pada penelitian selanjutnya. Kata Kunci : Anguilla bicolor, Housekeeping gene, Primer degenerate, Nested PCR, Primer spesifik. ISOLATION AND IDENTIFICATION OF HOUSEKEEPING GENE IN EEL FISH (Anguilla bicolor) ABSTRACT Housekeeping gene are effective genes needed in cell maintenance and often used as internal controls in gene expression normalization because of their stable nature. However, genetic information from housekeeping genes, especially in Anguilla bicolor is still minimal and much is unknown. In relation to that, this study aims to sequencing the isolation results of housekeeping gene in Anguilla bicolor in order to get specific sequences by designing degenerate primer on 18s ribosomal RNA (18S rRNA), Beta Actin (ACTB), Elongation Factor 1-Alpha (ef1a) and Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenase (GAPDH). The degenerate primer consists of two primer sets (outer and inner) were designed by: (1) Collection fish sequences of Actinopterygii class; (2) Aligment sequences; (3) Uploading sequences to the Primaclade web; (4) Selection of primary pairs. The selected primers were then used to amplify housekeeping gene of Anguilla bicolor using the Nested PCR method. DNA of Anguilla bicolor was obtained from DNA isolation using the Sambrook protocol. The result of housekeeping gene amplification was then sequenced directly to determine the nucleotide sequences of the gene. Next, contig and BLAST analysis were performed on the gene sequences obtained to ensure that the sequences match the target genes. The results of BLAST analysis showed that the three of four genes sequences were corresponding to the target gene, which are ribosome RNA 18s (18S rRNA), Beta Actin (ACTB) and Elongation Factor 1-Alpha (ef1a). The general grouping of dendrograms showed that the three gene sequences were in groups with gene target. The conclusion of this study is the discovery of three specific sequences in three housekeeping gene targets which can be used as a source for designing specific primers in subsequent studies. Keywords: Anguilla bicolor, Housekeeping gene, Degenerate Primer, Nested PCR, Specific Primer.