VARIAN GENETIK DAERAH HIPERVARIABEL I (HVI) DNA MITOKONDRIA PADA EMPAT GENERASI DENGAN RIWAYAT DIABETES MELITUS TIPE 2 - Purnamasari, Yunita (2013)
Diabetes melitus tipe 2 (DMT2) merupakan penyakit kelainan metabolisme yang ditandai dengan meningkatnya kadar gula darah akibat tubuh tidak merespon keberadaan insulin. Salah satu faktor penyebab DMT2 adalah keberadaan mutasi DNA Mitokondria (mtDNA) yang diturunkan dari garis keturunan ibu (maternally inherited). Salah satu daerah pada mtDNA yang sering dihubungkan dengan penyakit adalah daerah Hipervariabel I (HVI) karena laju mutasinya tinggi.Oleh karena itu, dilakukan penelitian terhadap daerah HVI mtDNA pada empat generasi dengan riwayat diabetes melitus tipe 2 dan pewarisan mutasi yang menyebabkan DMT2 untuk mengetahui profil genetiknya. Tahapan yang dilakukan meliputi lisis terhadap sampel akar rambut, amplifikasi fragmen HVI mtDNA dengan Polymerase Chain Reaction (PCR), deteksi hasil PCR dengan elektroforesis gel agarosa, pengukuran konsentrasi mtDNA dengan spektrofotometri UV-Vis, penentuan urutan nukleotida daerah HVI mtDNA dengan metode direct sekuensing, dan analisis hasil sekuensing dengan menggunakan program SeqmanTM versi 4.00. Berdasarkan hasil perbandingan urutan nukleotida antara data penelitian dan revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) diperoleh enam mutasi yang sama, yaitu: C16147T, T16189C, C16193del, T16127C, A16235G, dan A16293C. Setelah dibandingkan dengan data sekunder Mitomap dan NCBI diperoleh dua mutasi yang menjadi kandidat pemicu DMT2, yaitu T16189C dan T16217C. Kedua mutasi tersebut juga dimiliki oleh generasi yang tidak terdiagnosis DMT2. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberi kontribusi pada pengumpulan database varian genetik mtDNA manusia yang berhubungan dengan penyakit metabolisme, sehingga kedepannya dapat dimanfaatkan dalam berbagai bidang khususnya bidang kedokteran. Kata kunci :DMT2, Hipervariabel I, mtDNA, Mutasi, Varian Genetik Type 2 diabetes mellitus (T2DM) is a metabolic disease characterized by increased blood sugar levels due to insulin resistence. One of the factor is mutations of T2DM Mitochondrial DNA (mtDNA). That is passed down trough the maternally inherited.One area in the mtDNA often associated with the disease is Hypervariabel region I (HVI). It have been known that area, it has high mutation rate. Therefore, to purpose of studied to examination of the mtDNA HVI region in four generations with a history of type 2 diabetes mellitus and the inheritance of a mutation that causes T2DM to determine genetic profiles. The steps was taken in this study are lysis of the hair root samples, amplified fragments of mtDNA HVI with Polymerase Chain Reaction (PCR), detection of PCR product by agarose gel electrophoresis, mtDNA concentration measurement by spectrophotometry UV-Vis, determination of the nucleotide sequence of mtDNA HVI region with methods direct sequencing, sequencing and analysis of the results using the program SeqmanTM version 4.00. Based on the comparison of the nucleotide sequence between data result and revised Cambridge Reference Sequence (rCRS) data, six similar mutation obtained same mutation, these are: C16147T, T16189C, C16193del, T16127C, A16235G, and A16293C. Comparing the data with secondary data Mitomap and NCBI, it obtained two candidate mutations to trigger T2DM, the T16189C and T16217C. Both of these mutations are shared by generations of undiagnosed T2DM. The result is expected to contribute to the collection of human mtDNA genetic variants database. That associated with the metabolic disease so that in the future can be applied in various fields, especially in medicine area. Keywords: T2DM, Hipervariabel I, mtDNA, Mutation, Genetic Variant