STRUKTUR KOMUNITAS DAN KEANEKARAGAMAN BAKTERI PADA SALURAN PENCERNAAN SIDAT ELVER BUDIDAYA BERDASARKAN ANALISIS METAGENOMIK - Stella Melbournita Noor Augustine, - (2020)
Ikan sidat (Anguilla sp.) merupakan ikan konsumsi yang sangat bernilai ekonomis baik di pasar lokal maupun luar negeri. Kandungan vitamin dan mikronutrien pada ikan sidat sangat tinggi. Hal ini menjadi faktor pendorong banyaknya pembudidayaan ikan sidat. Dibalik tingginya minat pasar, terdapat kendala dalam pembudidayaan yang berkaitan dengan keberlangsungan hidup ikan sidat, terutama pada fase elver. Salah satu aspek yang bekontribusi terhadap kesehatan ikan sidat adalah keseimbangan mikrobiota yang menghuni saluran pencernaan. Penelitian ini bertujuan untuk mempelajari struktur komunitas, keanekaragaman, dan kelimpahan bakteri yang menghuni saluran pencernaan ikan sidat elver. Metode yang digunakan untuk menyelidiki informasi terkait dengan komunitas bakteri adalah dengan cara mengambil sampel DNA genom bakteri total dari saluran pencernaan sidat elver. Konsentrasi dan kemurnian DNA dianalisis dengan ketentuan rasio OD 260/280. Analisis terhadap sampel dilakukan dengan metode Next Generation Sequencing dengan menargetkan daerah V3-V4 dari gen 16S rRNA. Analisis data dilakukan menggunakan perangkat lunak Mothur dan PAST v.3.26 untuk menghitung keanekaragaman. Semua fragmen 16S rRNA yang dihasilkan kemudian diklasifikasikan menjadi 19 filum, 73 ordo, 36 kelas, 124 famili, dan 210 genus. Proteobacteria (64%) ditemukan sebagai filum dengan kelimpahan tertinggi yang diikuti oleh Firmicutes (29%), dan filum lainnya. Mikrobiota saluran pencernaan sidat elver pada tingkat genus didominasi oleh bakteri Plesiomonas. Informasi yang diperoleh dari mikrobiota saluran pencernaan dapat berguna untuk menentukan kesehatan dan meningkatkan kondisi pemeliharaan dalam pembudidayaan ikan sidat. Kata Kunci: Ikan sidat, Anguilla sp., Mikrobiota, Metagenomik, 16S rRNA, Next Generation Sequencing. Eel (Anguilla sp.) is a consumption fish that is very economical in both local and foreign markets.The content of vitamins and micronutrients in eel is very high. This matter become a driving factor for the number of eel fish farming. Behind the high market interest, there are obstacles in the cultivation of eels, especially in the elver phase. One aspect that contributes to the health of eel is the balance of the microbiota that inhabit the digestive tract. This research aims to study the community structure, diversity and abundance of bacteria that inhabit the digestive tract of elver eels. The method used to investigate information related to the bacterial community is by taking total bacterial genomic DNA from digestive tract of elver eel. The concentration and purity of the DNA obtained were analyzed using the OD ratio of 260/280. Examination of the samples was carried out using the Next Generation Sequencing method by targeting the V3-V4 regions of the 16S rRNA gene. Data analysis was performed using Mothur software and PAST v.3.26 for calculating alpha diversity. All 16S rRNA fragments produced were then classified into 19 phyla, 73 orders, 36 classis, 124 families, and 210 genera. Proteobacteria (64%) were found as the highest phylum followed by Firmicutes (29%), and other phyla. Digestive tract microbiota of elver eels was dominated by the genus Plesiomonas. Information obtained from the microbiota of the digestive tract can be useful for determining health and improving maintenance conditions in eel farming. Keywords: Eel, Anguilla sp., Microbiota, Metagenomic, 16S rRNA, Next Generation Sequencing.