PENGEMBANGAN KODE BATANG DNA UNTUK KELOMPOK TUMBUHAN MAGNOLIOPSIDA DAN LILIOPSIDA BERDASARKAN SEKUEN DAERAH INTERNAL TRANSCRIBED SPACER (ITS) DARI GENOM INTI - Sarah Fauziah Akbari, - (2021)
Indonesia memiliki tingkat keanekaragaman tumbuhan yang tinggi. Keanekaragaman flora yang sudah diidentifikasi sekitar 50% dari total flora di Indonesia. Rendahnya persentase tumbuhan yang sudah diidentifikasi serta banyaknya faktor yang dapat menyebabkan hilangnya keragaman ini menuntut para peneliti untuk melakukan identifikasi tumbuhan secara cepat sebelum terjadi kepunahan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan kode batang DNA daerah ITS dari genom inti tumbuhan kelas Magnoliopsida dan Liliopsida sebagai salah satu cara mengefektifkan proses identifikasi yang dapat mempermudah pemutakhiran data tumbuhan. Penelitian ini menggunakan data sekunder berupa sekuen DNA daerah ITS dari seratus spesies tumbuhan kelas Magnoliopsida dan Liliopsida. Proses penelitian diawali dengan analisis filogenetika, perolehan sekuen konsensus ITS, desain primer spesifik, dan diakhiri dengan uji coba primer terhadap seluruh sampel tumbuhan. Hasil menunjukkan daerah ITS dapat memisahkan kelompok Magnoliopsida dan Liliopsida. Pengembangan primer yang dilakukan menghasilkan beberapa kandidat primer spesifik. Persentase keberhasilan amplifikasi pasangan primer Magnoliopsida MF2-MR2 dan pasangan primer MF7-MR7 terhadap Magnoliopsida dan Liliopsida sebesar 90% dan 30%. Sementara itu, persentase keberhasilan amplifikasi pasangan primer Liliopsida LF4-LR4 dan pasangan primer LF8-LR8 terhadap Liliopsida dan Magnoliopsida sebesar 48% dan 0-3%. Berdasarkan hasil uji coba tersebut dapat diketahui bahwa primer Magnoliopsida sudah cukup efektif untuk mengidentifikasi kelompok tumbuhan target. Primer Liliopsida belum terlalu efektif untuk mengidentifikasi kelompok tumbuhan target, tetapi lebih spesifik dari primer lainnya. Indonesia has a high level of plant diversity. The flora diversity that has been identified is about 50% of the total flora in Indonesia. The low percentage of plants that have been identified and many factors that can cause the loss of this diversity require researchers to identify plants quickly before extinction occurs. This study aims to develop a DNA barcode from the ITS region in the plant core genome of the Magnoliopsida and Liliopsida as one of many ways to increase the effectiveness of the identification process that can facilitate updating plant data. This research used secondary data of the ITS region from a hundred plant species of Magnoliopsida and Liliopsida. This research started with the phylogenetic analysis process, obtained consensus sequences of ITS, specific primer design, and ended with primers tested to all plant samples. Results show that the ITS region can separate Magnoliopsida and Liliopsida groups. The DNA primers development carried out several specific primer candidates. The percentage of successful amplification of the Magnoliopsida primer pairs, MF2-MR2 and MF7-MR7, against Magnoliopsida and Liliopsida was 90% and 30%, respectively. While, the percentage of successful amplification of Liliopsida primer pairs, LF4-LR4 and LF8-LR8, against Liliopsida and Magnoliopsida was 48% and 0-3%, respectively. Based on the test results, primers for the Magnoliopsida group were effective enough to identify the target plant group. Primers for the Liliopsida group were not very effective in identifying the target plant group, but it more specific than other primers.