PERANCANGAN PRIMER DAN DETEKSI CpG ISLAND SECARA IN SILICO PADA GEN HSP90 AYAM (Gallus gallus) - Nisa Sholihatul Ummah, - (2022)
Gen HSP90 dapat dimanfaatkan sebagai marker cekaman panas pada ayam. Isoform gen HSP90 ayam terdiri dari HSP90α (HSP90AA1 dan HP90AB1) dan HSP90β (HSP90B1). Masing-masing isoform tersebut memiliki karakteristik struktur dan polimorfisme gen yang berbeda-beda serta belum banyak diteliti. Oleh sebab itu dilakukan perancangan primer dan deteksi CpG island dengan menggunakan perangkat lunak Primer3, Netprimer, dan MethPrimer secara in silico. Hasil penelitian menunjukan 24 kandidat primer pada gen HSP90AA1 (9), HSP90AB1 (10) dan HSP90B1 (5) yang dapat digunakan untuk melihat polimorfisme untuk dijadikan marker cekaman panas pada gen HSP90 ayam. Deteksi potensi CpG island dilakukan pada daerah promoter dan ekson pertama pada gen HSP90 ayam. Hal tersebut terkait metilasi yang terjadi pada daerah promoter yang mempengaruhi ekspresi gen. Deteksi CpG island menghasilkan hanya satu CpG island pada gen HSP90AA1 dan dua CpG island pada gen HSP90AB1 dan HSP90B1. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk riset selanjutnya, yaitu mendapatkan ayam lokal Indonesia yang tahan terhadap cekaman panas.