DESAIN PRIMER DAERAH CODING DAN 3'UTR GEN HSP70 AYAM LEHER GUNDUL (LEGUND) - Nida Firyal Fauziyah, - (2022)
Gen HSP70 merupakan salah satu mekanisme adaptasi tidak terkecuali ayam legund, namun penelitian dan database terkait ayam lokal masih jarang, sehingga perlu dilakukan penelitian untuk melengkapi database yaitu salah satunya dengani membuat primer gen HSP70 pada ayam leher gundul untuk mendeteksi SNP pada daerah coding dan 3'UTR sehingga dapat membantu peneliti selanjutnya melakukan penelitian terkait polimorfisme gen HSP70 ayam leher gundul. Penelitian ini, meliputi: desain primer, pengujian secara in silico (BLAST), dan in vitro dengan menggunakan sampel DNA ayam leher gundul yang berasal dari koleksi. Sampel diamplifikasi dan dilihat ukurannya dengan metode elektroforesis, kemudian dilakukan sequencing, BLAST dan aligment menggunakan MEGA. Aligment dilakukan dengan menempelkan konsensus hasil sequencing ke gen HSP70 ayam dengan nomor akses J02579.1, AY178441, AY178442, AY178443. Hasil yang diperoleh didapatkan secara in silico primer yang didesain memenuhi kriteria yang diharapkan. Secara in vitro hasil dari PCR didapatkan pita tunggal yang memiliki ukuran yang spesifik yaitu 963 bp dan 934 bp dengan suhu optimasi primer 1 60oC dan Primer 2 58oC, hasil sequencing didapatkan chromatogram satu puncak. BLAST memperlihatkan sequence homolog dengan sequence Gallus gallus pada database NCBI, setelah dipetakan hasil sequencing dengan gen J02579.1 terlihat daerah SNP target yang ikut teramplifikasi. Hal ini sejalan dengan hasil aligment yaitu terdapat dugaan keberadaan SNP walaupun harus dibuktikan lebih lanjut. Dapat disimpulkan bahwa primer yang didesain merupakan primer gen HSP70 pada ayam leher gundul dan dapat digunakan untuk mendeteksi SNP gen HSP70 ayam leher gundul pada daerah coding dan 3'UTR.Peneitian selanjutnya sembilan sampel sisanya untuk melihat polimorfisme dan asosiasi gen HSP70 ayam leher gundul.